O Padre Amaro torna-se sacerdote em Leiria, província de Portugal, por interferência do Conde de Ribamar, cuja mulher é sua parente. Lá hospedava-se na casa de D. Joaneira, amante do CônegoDias,mãe de Amélia e amiga de algumas beatas velhas, ignorantes e supersticiosas, que regularmente visitam a residência. Forma-se nelas grupos de mulheres e clérigos, que se divertem em
longos serões nos quais as modinhas tocadas por Amélia ao piano, os jogos, as conversas fúteis e os mexericos puritanos e moralistas são as grandes atrações. João Eduardo, namorado de Amélia pouco querido por ela, também participa dos serões, até incomodar-se com as intimidades entre ela e o padre. De fato, desde a chegada de Amaro ambos se atraídos, e o Padre se encoraja cada vez mais em cortejar a rapariga, movido por intenso desejo de possuí-la. João Eduardo escreve um texto num
jornal de oposição, assinando-se apenas “um liberal”, em que critica violentamente a corrupção do clero, e exemplifica suas críticas mencionando comportamentos devassos dos religiosos
freqüentadores da casa de Amélia. Esse incidente faz com que Amaro, preocupado com sua reputação mude de residência, afastando-se da rapariga, o que só lhes intensifica o sentimento. Quando um dos padres denunciados no artigo, o vingativo padre Natário, descobre a identidade do difamador, João
Eduardo, que marcara o casamento com Amélia, é enxotado do vilarejo, sem noiva, sem emprego e sem respeitabilidade. Amaro, então, triunfante, respeitado por todos como um santo, um virtuoso,
consegue um espaço para encontrar-se com Amélia e uma história para encobrir seu amor: ajudado por Dionísia, uma ex- cortesã, transforma em alcova a casa do sineiro, ao lado da igreja, e justifica de duas maneiras as visitas regulares de Amélia ao lugar: para tio Esguelhas, o sineiro diz que a está preparando para a vida religiosa, em segredo, e para a mãe, as beatas e os outros padres, que ela está
virtuosamente ensinando a ler e a conhecer a doutrina cristã a Totó, uma menina entrevada considerada louca, filha do tio Esguelas. Amélia e Amaro vivem sua paixão voraz sem incidentes maiores, apesar da fúria de Totó, que tem aversão a Amélia e os
denuncia ao Cônego Dias. No entanto, quando o velho descobre a trama e acusa
Amaro, este revela que sabe de sua relação com D. Joaneira, e desde então
tornam-se cúmplices. Um incidente muda o rumo dos fatos: Amélia engravida e Amaro encarrega Dionísia de procurar João Eduardo, para casá-la com o rapaz. Não o encontrando, elabora mais um plano maquiavélico: faz com que D. Joaneira vá com o Cônego para a praia, enquanto Amélia, a pretexto de ajudar D. Josefa, a irmã do Cônego, que adoecera, viaja com ela para um povoado, onde
poderá ter a criança em segredo. Lá a rapariga por pouco tempo se afastar do Padre, influenciada por um sacerdote a quem se confessa e que procura salva-la, apontando a crueldade e o egoísmo de
Amaro e tentando convencê-la a se casar com João Eduardo, que estava de volta. Entretanto, Amaro com facilidade a seduz para si novamente. Na ocasião do parto, entrega a criança a uma mulher
“tecedeira de anjos”, isto é, que mata os bebes que recebe, e Amélia, ressentida com a separação do filho, sofre uma série de convulsões e vem a falecer. Amaro imediatamente embarca para Lisboa,
onde tempos depois, em companhia do Conde Ribamar, reencontra o velho Cônego Dias, justamente quando a cidade está perplexa com as notícias sobre os acontecimentos sangrentos da Comuna de
Paris. O Conde comenta com os padres, na cena final do romance, sobre a paz, a prosperidade e o contentamento de Portugal, que a seu ver desperta inveja à Europa, dentre outras razões por ter
“sacerdotes respeitáveis” como aqueles a quem lisonjeia.
